文科省予算案の総額は平成２７年度比１３３億円減の５兆３２１６億円。いじめ・不登校対策としてスクールカウンセラーやスクールソーシャルワーカーの学校などへの配置を増やすため、２７年度比８億円増の計５７億円を確保。貧困家庭の多い中学への複数配置をそれぞれ４００人増やすほか、不登校支援のため教育支援センター２５０カ所へのスクールカウンセラーの新規配置などに充てる。
予算編成の焦点となっていた教職員定数については、学校現場の課題に応じて政策的に配分する「加配定数」５２５人を増やすことで馳浩文科相と麻生太郎財務相が合意し、１１億円を計上した。
